Chương trình giảng dạy tại trường Hoa Sen được áp dụng theo khung chương trình chuẩn của Bộ GD&ĐT theo hướng “tối ưu hóa”, cung cấp cho học sinh đầy đủ kiến thức – kỹ năng mềm, kết hợp với chương trình nâng cao các môn Toán, Ngữ văn, Ngoại ngữ.

Hầu hết các môn học được nhà trường giảng dạy theo theo chủ đề và theo dự án, các em sẽ nghiên cứu, thuyết trình bảo vệ dự án của nhóm từ đó trau dồi kỹ năng thuyết trình và phản biện, kỹ năng làm việc nhóm…

Bên cạnh việc trang bị kiến thức, nhà trường còn tập trung vào chương trình phát triển thể chất, kỹ năng sống và năng khiếu theo khả năng và sở thích của từng học sinh. Để giúp các em trở thành một người công dân toàn cầu, nhà trường xây dựng các chương trình rèn luyện kỹ năng sống cần thiết như Kỹ năng học tập suốt đời, Tự bảo vệ và chăm sóc bản thân, Quản lý cảm xúc, Làm việc nhóm, Quản lý thời gian, Giao tiếp ứng xử, Giải quyết tình huống… thông qua các hình thức dạy học phân hóa, các câu lạc bộ (CLB Tiếng Anh, CLB Văn nghệ, CLB Võ thuật, CLB Người dẫn chương trình, các CLB thể thao (bóng đá, bóng chuyền, bóng rổ, võ thuật, bơi lội, gym…)

Chương trình học với 2 buổi/ngày, học sinh không cần đi học thêm nhưng vẫn đảm bảo được sự phát triển toàn diện về trí tuệ, nhân cách, tinh thần và thể chất.